La laguna di Lesina, separata dal Mare Adriatico da una duna larga 800 metri detta "Bosco Isola", è un lago salmastro, lungo 20 km e largo 3. Nei periodi di bassa marea vi affiora l'isoletta di San Clemente. In autunno è interessante assistere al fenomeno migratorio delle rondini, mentre seguendo gli itinerari esistenti si attraversano a piedi paludi e fitti canneti intervallati da specchi d'acqua popolati da uccelli, anche piuttosto rari, che cambiano a seconda delle stagioni.
Il lago di Varano è lungo circa 10 km e largo 8. Anche questo specchio d'acqua è separato dal Mare Adriatico da una duna e comunica con esso attraverso un canale. Più misterioso del lago di Lesina, quello di Varano è oggi visitabile grazie ad un servizio di trasporto effettuato da privati. Da segnalare, sulla sponda occidentale, la città fantasma di San Nicola Imbuti, ex base per gli idrovolanti durante le due guerre mondiali. A nord-est del lago, proprio vicino alla foce, si erigono le torri angioine del XIII secolo. A sud, la piccola Chiesa del SS Crocifisso di Varano.
