Il carsismo è il fenomeno predominante nel Parco Nazionale del Gargano, data la natura calcarea del territorio. Esso è dovuto all'azione erosiva dell'acqua del sottosuolo. Nel corso dei millenni si sono così generati cunicoli, grotte, caverne, inghiottitoi e sorgenti.
Tra le grotte più suggestive, quella di S. Michele a Monte S. Angelo e Grotta Paglicci a Rignano Garganico. Dal punto di vista speleologico, meritano di essere ammirate la grotta di Montenero a S. Marco in Lamis, la grotta Pian della Macina a San Nicandro Garganico, il complesso Occhiopinto-Scaloria a Manfredonia. Inoltre, la grava di Campolato (tra San Giovanni Rotondo e Monte Sant’Angelo) e quella di Zazzano che, assieme alle altre, sono un'ulteriore prova della infinita ricchezza della Daunia. Infine, di notevole interesse speleologico per le sue gigantesche dimensioni, la dolina Pozzatina in agro di San Nicandro Garganico.
