Il Parco Nazionale del Gargano è definito “isola biologica”; la fauna presente offre un quadro di eccezionale biodiversità. Dall’analisi della bibliografia disponibile e da un attento studio svolto dal naturalista Antonio Sigismondi, si stima la presenza di 9 diverse specie di anfibi, 19 di rettili, 319 di uccelli.
Nelle zone umide dell’“Oasi Lago Salso” a Manfredonia nidificano specie rarissime come il Tarabuso, l’Airone rosso, il Pignattaio, la Sgarza ciuffetto e anatre come la Moretta tabaccata, il Mestolone e l’Alzavola. Nella stessa oasi è stato reintrodotto il Gobbo rugginoso.
Negli aridi e dirupati valloni nidifica la più importante popolazione di Lanario dell’Italia peninsulare. I valloni meridionali del Parco Nazionale del Gargano ospitano anche altre specie come il Capovaccaio, il Falco pellegrino, la Monachella. Nelle zone a pascolo miste a seminativo nidifica il raro Zigolo Capinero e l’Averla cenerina.
Sugli altopiani dove si estendono boschi di cerro, sono invece presenti numerosissimi passeriformi, il Falco pecchiaiolo e il Biancone; nelle faggete della Foresta Umbra il Picchio rosso mezzano ed il Picchio dorsobianco. Qui vi è inoltre uno dei tre nuclei autoctoni del Capriolo garganico e il Gatto selvatico. Lungo le pinete costiere è presente la Rondine rossiccia.
Sulle falesie tra Peschici, Vieste e Mattinata nidificano il Falco Pellegrino, le Taccole, il Rondone alpino e il Rondone pallido. Sulle falesie delle Isole Tremiti è presente l’unica colonia del versante adriatico di due uccelli pelagici: la Berta minore e la Berta maggiore. Nella zona lagunare di Lesina e Varano nidificano il Cavaliere d’Italia, il Fraticello e l’Avocetta.
