Grazie alla varietà degli ecosistemi presenti sul territorio, il Parco Nazionale del Gargano vanta il primato italiano della biodiversità. Più del 35% delle specie botaniche (oltre 2000 specie su un totale di circa 6000 in tutta Italia) su una superficie che copre meno dell’1% del territorio nazionale. Delle oltre 200 specie vegetali del Parco, molte sono endemiche, vivono cioè solo nel Gargano. Fra tutte spiccano la Campanula garganica, il Cisto di Clusio e l’Inula candida. Ma l’attrattiva maggiore per i botanici è costituita dall’incredibile varietà di orchidee presenti nel territorio: ben oltre 70 specie e 10 sottospecie, numeri tra i più alti d’Europa. Da segnalare, inoltre, il Giglio di San Giovanni, la Vedova di Dalla Porta, il Giglio marino, l’Aubrezia di Colonna, il Biancospino, la Peonia, l’Asfodelo, il Vischio. Sul Gargano, inoltre, sono numerose le garighe, con una predominanza di Rosmarino, Euforbia e Sidertis Syriaca. Le pinete garganiche costituiscono il nucleo di origine naturale più esteso d’Italia. Il pino d’Aleppo vegeta dal livello del mare fino a 680 mt s.l.m. ed è localizzato sui pendii calcarei. L’albero più diffuso è il Cerro, il più delle volte associato ad altri come il Càrpino, l’Orniello, la Roverella, il Leccio e il Faggio.