Tra Manfredonia e Margherita di Savoia è compresa una zona umida di interesse nazionale ed internazionale, un ecosistema straordinario preso letteralmente d’assalto dagli uccelli migratori. Nei territori di Daunia Risi e Frattarolo si riproducono ben 46 delle 60 specie legate all’acqua esistenti in Italia. Le due aree si trovano a pochi km dalla foce del Candelaro e la seconda costituisce Riserva naturale “Palude Frattarolo”. Entrambe fanno parte del Parco Nazionale del Gargano. Il sentiero che percorre per c.a. 3,5 km questo paradiso naturalistico si trova sulla litoranea Manfredonia-Margherita di Savoia, all’altezza del km 4, nei pressi del Lido Romagna. La zona è attrezzata per il “birdwatching”.
L’altra zona di grande interesse naturalistico è quella compresa tra le lagune di Lesina e Varano. Due gli itinerari consigliati: il primo prevede la sosta presso Foce Schiapparo, per poi proseguire a piedi fino al casolare Cà Gravaglione. Il secondo, invece, parte da Foce Lauro per giungere alle omonime idrovore.
Sulle falesie marine vive un’abbondante flora rupicola: ben 58 specie di orchidee.
Le distese di pino d’Aleppo sono le più estese del mondo.
Ricca anche la fauna: caprioli, mufloni, daini, cervi e cinghiali caratterizzano i percorsi naturalistici garganici.